Vedecko-výskumné aktivity (počet dosiaľ ukončených vedecko-výskumných projektov a grantov s uvedením ich zamerania): VEGA:
1991-1993 Od totality k demokracii. Systémové zmeny na ceste k otvorenej spoločnosti, riešiteľ.
1994-1996 Súčasné spoločenské premeny vo svetle klasických a postmoderných filozofických teórií, riešiteľ.
1996-1998 Sociálny poriadok, spôsoby koordinácie ľudskej činnosti, idey, tradície, spoločenské zmeny a tranformačné procesy v podmienkach
Slovenska. Pokus o filozoficko-teoretickú a historickú reflexiu, komparáciu a vysvetlenie. Zástupca vedúceho projektu.
1999-2001 Kultúra ako dimenzia sociálneho poriadky, zástupca ved. projektu.
2003-2005 Interpretačné a legitimizačné sústavy v spoločenských premenách, zástupca ved. projetu.
ŠPVV: 2003-2005 Civilizačno-kultúrne procesy v transformujúcej sa slovenskej spoločnosti, člen riešiteľského kolektívu
Publikačné aktivity (15 najvýznamnejších vedecko-výskumných a odborných prác):
/Vedecké monografie/
1. PAUER, Jozef. 1997. Zmysel domu. Filozoficko-estetické pohľady na architektúru ako prostriedok organizácie priestoru pre život človeka. Bratislava: Veda, 1997. 103 s. ISBN 80-224-0455-1
2. PAUER, Jozef. 1998. Ticho a publikum. Úvahy o niektorých aspektoch našej duchovnej situácii. Bratislava: Vydavateľstvo Spolku slovenských spisovateľov, 1998. 109 s. ISBN 80-8061-016-9
3. PAUER, Jozef. 2000. Strata miery. Medzi rozumom úzkosťou a láskou. Bratislava: Homer, 2000. 160 s. ISBN 80-968384-0-7
4. PAUER, Jozef. 2004. Nechuť byť spolu. Bratislava: Homer, 2004. 159 s. ISBN 80-968384-1-5
5. PAUER, Jozef. 2006. Do jaskyne. Medzi modernitou, televíziou a tragédiou alebo globálna transformácia človeka a vznešenosť. Bratislava: Fox&Col, 2006. 106 s. ISBN 80-969514-0-8
/Kapitoly vo vedeckých monografiách vydaných v zahraničí/
6. PAUER, J. In Search of the Human Sense of Dwelling. In: (Eds. G.F. McLena/R. Magliola/W. Fox). 2004. Democracy: in the Throes of Liberalism and Totalitarianism. Washington, D.C.: The Council for Research in Values and Philosophy, 2004. P. 107-126. ISBN 1-56518-195-6 (pbk)
/Vedecké práce v domácich časopisoch/
7. Svetonázorové súvislosti noriem v hodnotení architektúry. In: Architektúra a urbanizmus, 18, 1984, č. 4, s.217-226.
8. PAUER, Jozef: K metodologickým východiskám hodnotenia architektúry. In: Filozofia, 43, 1988, č. 4, s. 484-492.
9. PAUER, Jozef: O povahe procesu umeleckej tvorby. In: Filozofia, 45. 1990, č. 2, s. 137-147.
10. Architektúra a totalitarizmus. In: Projekt, 32, 1990, č. 9/10, s.81.
11. Historické vedomie, tradícia, pseudotradícia a moderná architektúra. In: Architektúra a urbanizmus, 25, 1991, č. 3, s.185-198.
12. Chvála architektúry alebo mimo modernu a postmodernu. In: Projekt, 36, 1994, č.1, s.61-63.
13. PAUER, Jozef: Globalizácia: rozkvet alebo rozpad impéria? In: Filozofia, 59, 2004, č. 8, s. 588-600.
14. PAUER, Jozef: Globálna transformácia, premena človeka a Minervina sova. In: Filozofia, 61, 2006, č. 2, s. 136-146.
15. PAUER, Jozef: Medzi „znovuzrodením“ a „smrťou človeka“ (K niektorým podobám vzťahu človeka a spoločnosti) I. časť: Od miznutia transcendentna ku kráľovstvu človeka. In: Filozofia, 62, 2007, č. 8, s. 686-695. II. časť: Od kráľovstva človeka k „smrti človeka“. In: Filozofia, 62, 2007, č. 9, s. 825-833.